São espaços territoriais e seus recursos ambientais, incluindo as águas jurisdicionais, com características naturais relevantes, legalmente instituídos pelo poder público, com objetivos de conservação, sob regime especial de administração, ao qual se aplicam garantias adequadas de proteção (Lei nº. 9.985/2000 – SNUC).

Entre os objetivos das UCs, destacam-se a manutenção da diversidade biológica, a proteção de espécies e recuperação dos recursos hídricos, bem como a promoção da educação ambiental, do ecoturismo, a pesquisa científica e a proteção de recursos naturais para sobrevivência de populações tradicionais.

Apesar de ser o menor Estado em extensão territorial do Brasil, Sergipe apresenta peculiaridades ecossistêmicas que merecem destaque. Os ecossistemas predominantes são a mata atlântica e a caatinga. A mata atlântica foi intensamente explorada desde a colonização do país, e reduzida no estado de Sergipe a 0,1%. A caatinga tem sido intensamente explorada, com substituição de espécies vegetais nativas por cultivos e pastagens.

No estado de Sergipe existem  dezessete Unidades de Conservação da natureza, sendo sete particulares, quatro do governo federal, duas municipais e seisestaduais, sendo que uma, em fase de recategorização.

Para o cumprimento dos objetivos das unidades do estado, a SEMARH vem desenvolvendo ações de gestão e manejo de 04 UCs, com sede administrativa e rotina gerencial, contemplando a execução de atividades de proteção, pesquisa, educação ambiental e integração comunitária. Na gestão dessas UCs, a SEMARH conta com a estrutura do conselho consultivo – órgão colegiado obrigatório que viabiliza a participação social na gestão das UCs, sendo composto por representantes de órgãos públicos, de organizações da sociedade civil, populações tradicionais residentes e proprietários de terras.

Sergipe possui duas Unidades de Conservação de uso sustentável na categoria de Área de Proteção Ambiental (APA),  de âmbito estadual que estão sob a gestão do Governo do Estado de Sergipe administradas pela SEMARH.

Área de Proteção Ambiental Morro do Urubu

Localizada na área urbana de Aracaju, limita-se ao Norte com o rio do Sal, ao Leste com o rio Sergipe, e ao Sul e Oeste com as áreas urbanas da zona Norte do município. O Morro do Urubu abriga um dos últimos testemunhos da Mata Atlântica da cidade de Aracaju. Criada pelos Decretos nº 13.713, de 16.06.93, e nº 15.405, de 14.07.95, a APA Morro do Urubu, abrange 213,8724 hectares, constituídos por áreas públicas e privadas. No seu polígono estão inseridos o Parque Estadual José Rollemberg Leite ou Parque da Cidade e o Zoológico de Aracaju, administrados pela Empresa de Desenvolvimento Agropecuário de Sergipe (Emdagro).

Área de Proteção Ambiental do Litoral Sul do Estado de Sergipe

Transformada em Unidade de Conservação através do Decreto nº 13.468 de 22 de janeiro de 1993, define a estrutura de ocupação da área compreendida entre a foz do Rio Vaza Barris e a desembocadura do Rio Real, com cerca de 55,5 km de costa e largura variável de 10 a 12 km, do litoral para o interior. Abrange os municípios de Itaporanga d’Ajuda, Estância, Santa Luzia do Itanhy e Indiaroba. Inserem-se nesta APA as praias Caueira, Abais e Saco, com áreas de restingas arbustivo-arbóreas, dunas, manguezais, lagoas perenes e enclaves de Mata Atlântica. A APA abriga biodiversidade de ambientes costeiros e de floresta estacional semidecidual, com a ocorrência de espécies de aves limícolas e migratórias, incluindo a presença de espécies ameaçadas, a exemplo de Pyriglena atra (rendeira-dos-olhos-de-fogo) e do macaco-guigó (Callicebus coimbrai).

Área de Proteção Ambiental Litoral Norte

Através do Decreto nº 22.995 de 09 de novembro de 2004 foi instituída a Área de Proteção Ambiental (APA) Litoral Norte. Compreendendo um perímetro de aproximadamente 473,12 km², a unidade situa-se nos municípios de Pirambu, Japoatã, Pacatuba, Ilha das Flores e Brejo Grande e tem como objetivo geral a promoção do desenvolvimento econômico-social da área, voltada às atividades que protejam e conservem os ecossistemas ou processos essenciais à biodiversidade, à manutenção de atributos ecológicos, e à melhoria da qualidade de vida da população.

Refúgio de Vida Silvestre Mata do Junco 

O Refúgio de Vida Silvestre Mata do Junco, localizado no município de Capela, a 67 km da capital sergipana, é o segundo maior remanescente de Mata Atlântica do Estado, com uma área total de 894,76 hectares. Criado através do Decreto 24.944 de 26 de dezembro de 2007, o Refúgio objetiva proteger vegetação nativa da Mata Atlântica, bioma enquadrado entre os 34 hotspots mundiais, ou seja, ecossistemas com elevada biodiversidade e que sofreram severa destruição, correndo risco iminente de desaparecer.

Registra-se na Mata do Junco, a presença de uma das espécies de primatas mais ameaçadas de extinção do Brasil, o Callicebus coimbrai, conhecido como macaco guigó, espécie de distribuição geográfica restrita às florestas de Mata Atlântica entre o recôncavo baiano e a margem direita do Rio São Francisco, na faixa litorânea dos estados de Sergipe e Bahia.  Segundo ICMBio/CPB o Callicebus coimbrai tem distribuição restrita a 150km² e população estimada em 2.000 indivíduos. É classificado como criticamente em perigo pelo MMA e em perigo pela IUCN.

No plano de manejo do RVS Mata do Junco, em sua caracterização florística, registrou-se a ocorrência de 100 espécies, distribuídas em 74 gêneros e 37 famílias, predominando as famílias Poaceae, Cyperaceae, Myrtaceae, Fabaceae, Asteraceae e Rubiaceae. Sobre a fauna, foram registradas a ocorrência de 23 espécies de mamíferos, 20 de anfíbios, 18 de répteis, 23 de mamíferos e 134 de aves. Porém, estudo de doutoramento realizado após plano de manejo registrou 128 espécies de aves pertencentes a 41 famílias. Das espécies identificadas dez foram classificadas como endêmicas do Brasil e cinco endêmicas da Mata Atlântica, ou seja, a Pyriglena atra, Hemitriccus nidipendulus, Ramphocelus bresilius, Hylophilus poicilotis eThalurania glaucopis. Três espécies estão em alguma categoria de risco segundo a IUCN, o beija-flor-de-costas-violeta – Thalurania watertonii quase ameaçada, olho-de-fogo-rendado – Pyriglena atra em perigo e chorozinho-do-papo-pretoHerpsilochmus pectoralis  – vulnerável.

Além das espécies da flora e fauna encontradas, o RVS protege o principal manancial de abastecimento público da cidade de Capela – o riacho Lagartixo, atributo que reforça a sua importância, enquanto mantenedor de bens e serviços ambientais.

Monumento Natural Grota do Angico

O Monumento Natural Grota do Angico, unidade de conservação estadual criada através do Decreto 24.922 de 21 de dezembro de 2007, está situada no Alto Sertão Sergipano, a cerca de 200 km de Aracaju, entre os municípios de Poço Redondo e Canindé de São Francisco, às margens do Rio São Francisco. A região abriga remanescentes florestais da Caatinga hiperxerófita densa. Com uma área total de  2.183 hectares, o Monumento Natural Grota do Angico foi criado com objetivo de preservar o sítio natural Grota do Angico e elementos culturais associados, mantendo a integridade dos ecossistemas naturais da Caatinga, para o desenvolvimento de pesquisa científica, educação ambiental, ecoturismo e visitação pública. O Plano de Manejo do Mona Angico, em sua caracterização florística,  registrou a ocorrência de 157 espécies nos limites da UC, distribuídas em 108 gêneros e 45 famílias,  sendo 18 espécies endêmicas da Caatinga.  Na caracterização da fauna identificou-se a presença de 24 espécies de mamíferos; 124 de aves, sendo 14 espécies consideradas como endêmicas do Brasil e 02 presentes na lista de espécies ameaçada do IBAMA (2003)  como vulneráveis à extinção (são o jaó-do-sul Crypturellus noctivagus (e o chorozinho-de-papo-preto Herpsilochmus pectoralis); 25 espécies de répteis e 18 de anfíbios, sendo em que sua totalidade, os anfíbios representando a ordem Anura, enquanto que os répteis subdividindo-se em dois quelônios, doze lagartos e onze serpentes. Segundo pesquisadores, em  todos os grupos estudados existe uma expectativa de ampliação da lista de espécies, o que atesta a importância dessa área protegida.

A importância do Monumento Natural se eleva quando se observa o seu valor histórico e cultural em função da presença da Grota do Angico, pois foi alvo da rota do Cangaço e cenário da morte do maior ícone deste movimento, Virgulino Ferreira, o Lampião, além de sua companheira Maria Bonita com nove cangaceiros. Fato ocorrido em 28 de julho de 1938.

A proteção desse sítio ecológico e histórico representa um avanço rumo à conservação da Caatinga, bioma ainda pouco estudado, que merece ser valorizado pela sua representatividade ecológica e sociocultural.

Unidade de Conservação em fase de Recategorização

A Lei nº 2.825 de 30 de julho de 1990, define como “Paisagem Natural Notável” e área de especial proteção ambiental todo o trecho do rio Sergipe, que serve de divisa entre os municípios de Aracaju e Barra dos Coqueiros, compreendendo as margens e todo o leito do rio Sergipe, tanto na parte permanente coberta pelas águas, tanto naquela que somente o é por efeito dos movimentos de maré, tanto no segmento que se estende até o mar, quanto naquele que sai em demanda do rio Poxim.

Área de Preservação Permanente instituída por ato do poder público

A Lei nº 2.795 de 30 de março de 1990, define áreas de proteção ambiental da foz do Rio Vaza-Barris, que compreende as Ilhas do Paraíso e da Paz, localizadas respectivamente na foz do Rio Vaza-Barris e na foz do Rio Santa Maria, em frente ao Povoado Mosqueiro. Trata-se de uma área legalmente protegida, declarada por ato do poder público, nos termos do art. 225, inciso III da Constituição do Estado de Sergipe, definindo as duas ilhas como “áreas de proteção ambiental permanente” e estabelecendo restrições para a sua utilização.