São instrumentos do Sistema Nacional do Meio Ambiente (SISNAMA), criados por lei com a finalidade e apoiar projetos de meio ambiente, recursos hídricos, proteção de florestas, controle da poluição, saneamento e reparação de direitos difusos lesados.

A experiência brasileira com criação de fundos teve início no final da década de 1980.A iniciativa em Sergipe passou a ser testada a partir da Constituição de 1989, com a criação de dois fundos socioambientais voltados especificamente para os segmentos de recursos hídricos e de meio ambiente.

Através da lei nº 3.870, de 25 de setembro de 1997, o Estado criou o Fundo Estadual de Recursos Hídricos (FUNERH), regulamentado pelo Decreto nº 19.079, de 05/09/2000, como um dos instrumentos da Política Estadual de Recursos Hídricos, com o objetivo de assegurar os meios necessários à execução das ações relacionadas com o gerenciamento da água no Estado.

Apesar das dificuldades para funcionamento pleno, o FUNERH ao longo de sua existência, apoiou com recursos financeiros como contrapartida do Estado a projetos do PRÓÁGUA Semi-Árido voltados à iniciativas de proteção dos mananciais sergipanos e a ampliação e fortalecimento dos sistemas de abastecimento de água do Estado.

Em 2004, por força da lei nº 5.360, de 04 de junho, foi constituído o Fundo de Defesa do Meio Ambiente de Sergipe (FUNDEMA/SE), criado nos termos do art. 232, § 5º, da Constituição Estadual, com a finalidade de implementar a Política Estadual de Meio Ambiente através de ações de defesa e preservação do meio ambiente abrangendo a prevenção, recuperação e melhoria da qualidade ambiental no Estado.

Como a maioria dos fundos estaduais, o FUNDEMA/SE ainda não entrou em funcionamento por conta da falta de regulamentação e de definições claras sobre as formas de apoio a projetos, bem como por carência de recursos financeiros suficientes para o cumprimento da sua missão.

Tanto o FUNERH quanto o FUNDEMA/SE, como órgãos com vinculação institucional à Secretaria de Estado do Meio Ambiente e dos Recursos Hídricos, estão sendo objeto de reestruturação e fortalecimento para o pleno funcionamento em prol da efetivação das políticas de meio ambiente e de recursos hídricos no âmbito do Estado de Sergipe.